薛举在兰州称帝，立薛仁杲为太子，薛举派薛仁杲率兵围攻秦州，薛仁杲攻克秦州，薛举便将都城从兰州迁至秦州。薛仁杲很有力气，善于骑射，在军中号称万人敌，但他生性贪婪残忍、嗜杀成性，所以杀戮很多人，尤其对俘虏经常施以断舌、割鼻、舂斮等酷刑。薛仁杲获俘著名文学家庾信的儿子庚立，因其不肯投降而发怒，竞将庾立在火上分尸，然后一点点地割下肉来让军士们吃。

薛仁杲在攻克秦州时，将当地富人都召来，倒吊起来，用醋灌鼻子，向他们索取财物。薛仁杲不善抚恤将士，部属对他都敬而远之，因此，薛举常常训诫他说；“你的才能谋略足以成事，但是生性严苛酷虐，对人不能施恩，终归要倾覆我的家和国！”

薛举派薛仁杲劫掠扶风郡，农民起义军唐弼据守汧源抗击薛仁杲，薛仁杲不能进军。起初，唐弼拥立李弘芝为天子，拥兵十万人，薛举派遣使者招降唐弼，唐弼杀害李弘芝向薛举请求投降。薛仁杲趁唐弼没有防备，袭击并攻取了汧源，收编了唐弼的全部部众，唐弼仅率领数百名骑兵逃走。