薛举军势益盛，号称二十万兵众，筹划攻取长安，时逢唐王李渊拥立隋朝代王杨侑为隋帝，入据长安。薛举便留兵攻打扶风郡，李渊派遣次子李世民率兵在扶风郡进攻薛仁杲，双方交战，薛仁杲大败，唐军斩杀薛仁杲军数千首级，薛仁杲撤回陇右，唐军追击到垅坻才返回。

薛举在高墌大败唐军，薛举命薛仁杲乘胜进围宁州，被宁州刺史胡演击退，薛举去世，薛仁杲在折墌继位。薛仁杲做太子时，和大多数的将领有矛盾，等到继位后，众人心里疑忌不安。薛举去世，郝瑗伤心过度而患病，并且一病不起，薛氏的势力也从此逐渐衰落。

李渊任命秦王李世民为元帅，攻打薛仁杲，唐朝秦州总管窦轨进攻薛仁杲，没能获胜；骠骑将军刘感镇守泾州，薛仁杲包围了泾州。泾州城中粮食吃光了，刘感把自己骑的马杀了分给将士们，自己没有吃一点肉，只用煮马骨的汤拌了木屑吃。城池几次濒临陷落，恰好长平王李叔良带兵至泾州，薛仁杲于是扬言粮食吃完了，带兵向南而去。