西班牙统治

新的传染病，如欧洲流行的天花，在西班牙统治的头几十年导致美洲印第安人死亡，因为他们没有免疫力。与此同时，当地人被迫进入西班牙人的雇佣劳动制度。 在1563年，基多成为西班牙真正的 audiencia（行政区）所在地，并成为秘鲁总督辖区的一部分，后来成为新格拉纳达总督辖区。

亚历山大·冯·洪堡 (Alexander von Humboldt) 在 1801 年至 1802 年访问该地区时研究了1797年里奥班巴地震，该地震造成多达40000人伤亡。