第二次世界大战中1942年日本入侵印度尼西亚，荷属东印度战役爆发，3月日军占领荷属东印度全境，印度尼西亚进入印度尼西亚日治时期。最初日本推行“三亚运动”，但并未获得认同而告失败；转而拉拢国族主义及伊斯兰力量。日本训练了年轻人武装，成为在独立战争中的军事力量，但战后联合国报告指出在日本统治时期有400万人因饥荒及强制劳动而死亡。

独立时期

印度尼西亚独立革命