虽然穆斯lin商人于伊斯兰时代初期即抵达东南亚，但迹象显示穆斯lin最早于13世纪居住于苏门答腊北部，印度尼西亚其他地区逐步采行伊斯兰教，伊斯兰教在爪哇及苏门答腊地区至16世纪末才成为优势宗教。伊斯兰教的包容性使之在印度尼西亚的传播具有优势，此情形在爪哇最为显著。

荷兰殖民地时期

印度尼西亚人与欧洲人首次正规接触始于1512年，由佛朗西斯科·施兰（Francisco Serrão）带领葡萄牙商人寻找并垄断马鲁古群岛上的肉豆蔻、丁香及荜澄茄等资源，随后荷兰商人也到印度尼西亚。荷兰于1602年成立荷兰东印度公司，并成为欧洲位于印度尼西亚的主要势力，曾遭遇印度尼西亚人民武装抗争，荷兰东印度公司于1800年破产解散，荷兰政府续而成立荷属东印度接管印度尼西亚殖民地。

在多数殖民统治期间，荷兰在海岸堡垒以外的控制力相当薄弱，直到20世纪初期荷兰统治范围才扩张至今日印度尼西亚的版图。第一次世界大战完结之后，当地人开始争取自治。虽然在印度尼西亚独立战争时内部政治、社会、宗派分歧，但印度尼西亚人团结一致争取独立。