经过八个月的围攻，荷军“食尽计穷，始悔过乞降，拆城夜遁”，“彭湖信地，仍归版图”。

由于明帝国国势衰微，在取得厦门海战和收复澎湖的胜利以后，没有断然阻止荷兰人在台湾建立据点。

荷兰东印度公司利用这一时机，在现在的台南市海滨一个沙洲（当时把这个四面环水的小沙洲称为大员）上建立要塞，命名为热兰遮堡，

从此，荷兰便开始了对台湾附近的居民实行殖民统治。

从现有材料来看，1624年中国福建当局奉朝廷之命收复澎湖，是因为这里设置了管理台、澎军政事务的衙门，

“先朝设有两营兵马，堤防甚备”；

而允许荷兰人到更远一点的台湾去，也仅限于在那里同中国商人做生意，即如疏稿中所说：“况夷求市为名，或天恩之所可宥；及夷据彭以请，则国法之所难容。”

荷兰殖民者在澎湖投降后移往台湾大员时，“发现有些中国人定居在这里经营商业”，

可见，那里其实早已是中国领土。

然而，他们却莫名其妙地，把事情说成是台湾土地“属于中国皇帝。中国皇帝将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件”。

后世网上有“明黑”从荷兰人的记载中看到这里，便如获至宝，大肆指责明朝的“卖国行经”，

但这种说法，其实是毫无根据。