他于是立即抽调了一切可调动的兵力，领兵千里奔袭，直扑荆州而去。

李过等人以为岳州一带有何腾蛟指挥的军队，不会有东顾之忧，注意力全部集中于荆州，结果突然遭到清军主力偷袭，自是一败涂地。

之后，李过等人被迫退入川鄂交界的贫瘠山区，日益困窘。

之后到了1648年，忠贞营响应南明号召，攻打湖南长沙，

然而在即将克复长沙时，何腾蛟却急于争功，竟不顾一切，以督师阁部的权力，下令把即将攻下长沙的忠贞营调赴江西，

表面上，何腾蛟的理由是派他们解救被谭泰、何洛会部清军包围在南昌的金声桓、王得仁；

实际上，何腾蛟是要让自己直接节制的南明杂牌军队来抢夺收复长沙的大功。

而既可笑又可悲的是，等忠贞营怅怅然带兵离开后，清廷却派了和硕郑亲王济尔哈朗统率满、汉大军向湖南推进。

忠贞营是1648年十一月十六日无奈撤离长沙的，到了1649年的正月，济尔哈朗统率的大军已进入湖南，何腾蛟却还没开始攻打长沙。

等得知济尔哈朗大军进入湖南后，之前不停向朝廷要钱要粮的何腾蛟部下诸将，都成了惊弓之鸟，纷纷拉起队伍就跑。

1649年正月二十日，清军在济尔哈朗统率下，几乎没有遇到任何抵抗，就攻占了湘潭城，活捉了何腾蛟。

不久后，何腾蛟因拒绝投降被杀，永历朝廷追赠他为中湘王，谥号为“文节”。

何腾蛟被俘后坚贞不屈，保持了民族气节，应当肯定。但纵观他的一生却是成事不足，败事有余。

弘光时期，他受制于左良玉，无所作为。

隆武时期，他伙同湖北巡抚章旷排挤大顺军余部，收罗一批散兵游勇充当嫡系，又无将将之能，造成刘承胤、曹志建、黄朝宣等割据跋扈的局面。

而隆武帝的遇难，何腾蛟也负有不可推卸的责任。

反攻湖南之役，取得节节胜利之际，作为全军统帅的何腾蛟却处处私心自用，唆使郝永忠偷袭反正来归的陈友龙部，挑起明军自相残杀，给清军以喘息之机；

之后，他又悍然调走围攻长沙的忠贞营，一手断送了复湘援赣的战略大局，卒至以身予敌。

南明之不振，用人不当是个重要原因。

何腾蛟这人死不足惜，被他连累的百姓军民，却不知凡几。

比如他最后被俘的湘潭城，还因他的无能而惨遭屠城，

根据当时逃到乡下的文人汪辉记载：清军从正月二十一日开刀，“屠至二十六日封刀，二十九日方止……”

而忠贞营去往江西途中，已得知南昌失守，数万人处于饥寒交迫、进退失据的困境之中，经广东北部流落至广西。

1650年，李过因水土不服，病死于军中，其部由养子李来亨继承。

由于继续受到永历朝廷的猜忌，忠贞营在广西难以立足，于是在1650年十二月开始由南宁北上，最终到了夔东地区，同刘体纯、袁宗第、郝摇旗等大顺军旧部靠拢，

这，便是大顺军最后的残余势力——夔东十三家了。