二周目黑岛一郎打出的结局是楪祈想要拯救樱满集，但是到了最后，却依然是失败。

二周目结束之后，黑岛一郎感觉十分过瘾，他啥也不说，立刻存了档之后便开始了三周目。

然而这一次，黑岛一郎发现剧情更不一样了——校条祭居然消失了！

不，不是消失了，而是从学校之中离开了，这一次，因为没有了支线剧情的干扰，所以黑岛一郎的动作十分的迅速，但在这个时候，黑岛一郎才发现，校条祭居然变成了反派……不，校条祭一直就是站在樱满集身边的，葬仪社的很多资料都是校条祭所泄露出去的！

这一次，玩家历经千辛万苦，终于是又来到了樱满集的身边，但这一次原本应该有的boss战却消失了，楪祈和樱满集一阵嘴炮，但是黑暗帝王樱满集却并不信任楪祈，并且告诉她，世界的黑暗远比她所想的要可怕与深刻。

然后，樱满集交给了楪祈一些任务，让她去完成。

知道这个时候，黑岛一郎才发现，原来三周目的主线剧情竟然是遇到了樱满集之后才开始的！

而这个时候，剧情里面才开放了一些新的要素。

然而黑岛一郎并没有发现，这个游戏的脚本师虚渊玄的功力已经渐渐表现了出来，整个故事的走向开始朝着虐心而走了。

第一个主线任务，是让楪祈去解决千代田区的小头问题，但在黑岛一郎干掉了小偷之后，他才发现原来这个小偷是为了让自己年幼的弟弟妹妹活下去才去偷窃的。

因为之前几个支线任务都有多结局的关系，所以在发现是个bd之后，黑岛一郎便立刻读档，然后继续任务。

这一次，楪祈选择了放走小偷，但在这个时候，那个负责调查的治安官却因此而事业，他最后选择了自杀，留下了一对孤儿寡女。

黑岛一郎权衡了一下之后，他再次读档，然后还是把小偷给抓了起来。

但这仅仅只是开始而已。