思想教育以及军功管理系的，主要是由各个军目付担任，按照政良的习惯，一般都是由他的小姓元服后下派到各番队担任此职，负责所在番队的思想教育、军法教育以及战功的统计发放，无权干涉大将的番队统领权，但有权向国主直接禀报番队的各种情况，各番队的将领同样无权干涉军目付的工作。

后勤系，主要负责诸如军粮、兵器等各种军备的储备管理，同时负责核实军备的发放情况，必要时组织后勤部队参加战斗。此外，领地每个村子每月的农兵军事训练、按照领地法度每个村子自行组织起来的童子军巡逻小队的管理，这些也是由该部门负责的。

人员安排方面，是这样的。执政是政良本人，赤羽信之介、角隈石宗两位军师负责协助政良统筹。木下昌直提升为侍大将，为第四常备足轻番队的主将，该番队副将为职位同样得到了提升的足轻大将上田真次，军目付为罗氏佐助。上田真次、上村本纲、铁之助、本多俊正等人在这一次攻略中积功得到职位的提升，同时这些人也跟随了政良一段时间，现在是时候让他们负责一些具体的工作了。

吉田重政提升为侍大将，为第三常备足轻番队的主将，该番队副将为职位同样得到了提升的足轻大将上村本纲，军目付为罗氏新五郎。

大石智久为第二常备足轻番队的主将，该番队副将为职位同样得到提升的足轻大将伊达正衡，军目付为罗氏政宗。

阿骨打为第五常备足轻番队的主将，该番队由于新成立不久，暂时没有副将以及军目付。

执行种兼为第一常备足轻番队的主将，该番队副将为职位同样得到提升的足轻大将铁之助，军目付为罗氏政秀。

宫沢平八改名为为矶野员昌，为第一常备骑兵番队的主将。由于在这一次的攻略中积累了大量的功勋，政良亲自为其赐名，以表彰其功勋。至于为何将矶野员昌这个名字赐给宫沢平八，主要是政良不愿过多的改变历史。若不是政良的突然出现，不久后宫沢平八应该是成为矶野家的养子，改名为矶野员昌的。

安德尔为第一常备铁炮番队的主将。值得一提的时，在他的指导下，铁炮队的战力有了显著的提高。