光绪十七年《新科令》颁布后规定十七年七月开恩科，以后改为每年七月开科，新旧科考并行，旧科不再有“进士及第”一档，“进士出身”、“同进士出身”统称进士，与新学的大学毕业资格同；另外规定举子与新学的高级中学毕业资格同，秀才与新学的初级中学毕业资格同，称为“同等学历”。而获得大学毕业资格以上的学子希望立即为官的，除了部长次官以上的由内阁草拟、皇帝钦点以外，其他人员必须根据申报的不同部门，参加在文华殿举行的另外公务考试，被延续“殿试”的名称。刘云是希望尽量减小震动（次谋会议上，钟夏火对此曾经说，“三三改革”封建制度的老根都动了，这个科举制直接废除就好了；但是文易比较支持，说文人和恶霸不一样，搞不好舆论会很难看。）

因为帝国规定非官方大学毕业生要通过帝国教育总署的认证，帝国兴办的大学的毕业生将在光绪二十年出现，届时新科又明显会比旧科占便宜，光绪十七年到十九年科举被称为“老三科”。许多年轻的举子发现大学学习的科目虽然多，却是通过性的，不会那么辛苦，因此毕业相对容易，都进了大学接受新学了，剩下的只有硬着头皮再试一下，即便如此，他们参加新的殿试比现在那些通过帝国教育总署认证的新学学生要困难得多。因此，对于新的旧科进士，醇亲王主张应“体恤厚用”，而刘云明确表示“未明国是者，不可厚用”。双方争执不下。最后是帝师翁同龢出面，基本上在刘云的观点上调和。

翁同龢是世代官宦家庭出身。他祖父翁咸封是乾隆朝的举人，官做到海州学政；父亲翁心存是道光朝的进士，历任礼部、户部、工部尚书，翰林院掌院学士，体仁阁大学士，是道光、咸丰两朝重臣。翁同龢本人是咸丰六年的状元，历任刑部、工部、户部尚书，协办大学士，两度入值军机，还担任过督办军务处会办大臣，兼任总理各国事务大臣，又是同治、光绪两个皇帝的师傅。他作为老官僚当然对科举制度深有感情。而且在“除辫事件”之前，他本人就是古旧派的首领人物，刚刚剪了辫子转过弯来。因此，作为内阁总理大臣的他发言时刘云文易不禁微微色变。不想他说：“知足以知世变者，类能采天地调阴阳，参酌古今之宜，而不为物所囿，治世宜然治身亦然。”他还自谦道：“臣虽粗通国学，未能穷日本事，无论西方。新政之事，不敢妄草。”因此，“当举通达之才，行权变之务。”

光绪下旨，“新科擢入各部，旧科擢入翰林”，算各得其所。因为“翰林”在新政后成了“社会科学院”性质的学术机关，刘云一派对此结果本身是满意的。