同志会商，均主张与其坐以待毙，不如先发制人，黄兴也以为然，就决定仍于二十九日起事。

执信原不赞成，他说：“命令不能随便变更，变更多了，便不能发生效力。况且选锋队已经解散，留在城内的同志人数过少，起事成功希望很微。但是，革命的事，决不能策其万全，大家既已决起事，我愿意服从！”到了二十九日下午三点钟，同志纷纷到黄兴的寓所集合，听候命令，每个人都奋发鼓舞，勇气百倍。

执信本来别有任务，但激于义慎，也想加入，同志们见他穿的是长衫，都大笑说：“看你穿着长衫，怎能冲锋陷阵？”他只说：“不难，不难！”立刻取刀把长衫的下半截掉，双手挟着两个炸弹，参加出发，他随着黄兴等去攻督署，先把卫兵击毙直冲入内堂，想活擒清督张鸣岐，遍寻不获。

这时炸弹掷完了，胸口已经受伤，但他仍空着双手，和黄兴等转战到双门底，看见地下卧着牺牲了的同志，手里还拿着枪，便拾起来作为武器，向前冲去，直到子弹放完了，大家被冲散了，他才把枪丟掉，拖和猪尾巴，逍遥自在的在街上走，清兵毫不加注意，他得从从容容的避去朋友家里，到了第二天才搭船去香港，这便是有名的

“三月二十九日之役”。还不到半年，革命党又在武昌起义，各省纷纷响应，广东方面党人也积极活动，执信仍负责发动民军，会攻省城。

后来因为清水师提督李准的投诚，粤局不血刃而解决。胡汉民被举为广东都督，聘他做都督府的总参议，兼负责编练军队，准备北伐。

南北议和告成后，改任广东核计院长，兼广（广州）阳（阳江）绥靖处督办。

核计的事情，本来非常琐碎，但他凭着数学和经济学的素养，兼以办事勤勉，应付卓有余裕，所有个机关的预算决算，一经过眼，如有错误，便立刻发现。

陈炯明曾把军队中的收支送交审核，过几天，他向炯明质问，军队的旗旗帜何以和账簿上的数目不相符？

炯明一时答不出来，大感不安，事后告诉别人说：“执信先生真苛细，军队旗帜也查到了！”