据世界卫生组织统计，2017年乌干达全国经常性医疗卫生支出占GDP的%，按照购买力平价计算，人均经常性医疗卫生支出为美元。2018年，乌干达人的预期寿命为63岁。2018年，五岁以下儿童死亡率为‰。

乌干达是热带疾病的高发国，也是疟疾、艾滋病、埃博拉、昏睡病、病毒性肝炎、肺结核频发且比较集中的国家。炭疽病时有发生，口蹄疫、猪瘟等有时在一些饲养牲畜的农村出现。2018年，成人艾滋病感染率已下降至%。2019年，世界空气质量报告显示，坎帕拉是非洲空气污染第三严重的城市。空气污染会造成心脏病、肺癌等疾病。麦克雷雷大学的研究报告显示，近10年来乌干达肺癌病例增加了40%。2020年3月21日，乌干达出现首例输入型新冠肺炎确诊病例。2021年8月17日，乌干达卫生部宣布突发公共卫生事件，该国在坎帕拉的实验室报告了脊髓灰质炎病例。

中国政府自1983年开始向乌干达派遣援助医疗队。目前为第二十批医疗队，由云南省卫生健康委员会选派的耳鼻喉科、泌尿外科、腹部外科、结直肠外科、麻醉科、传染病科和针灸科医生和翻译、厨师等9人组成。

体育

乌干达首次参加奥运会是在1956年，1976年蒙特利尔奥运会他们加入抵制行列。至2008年北京奥运会(未获奖牌)结束，在所参加的13届奥运会中，乌干达总获1金3银2铜共计6枚奥运奖牌。伦敦奥运会上，乌干达的主要优势项目将是拳击和田径。