2005年以前，吉布提实行全民免费医疗。目当地居民有社保卡的可以享受免费医疗。居民需支付一定挂号费，贝尔蒂医院门诊挂号费3000吉郎，急诊挂号费吉布提当地人2500吉郎，外国人3000吉郎，地区卫生中心挂号费500吉郎。挂号费包括患者在医院的部分耗材支出，但不包括抽血化验、X光等检查费用以及手术、住院、药品等费用。

吉布提实行医药分离体制，一般情况下患者就医，医生开具处方，由患者自费到药房购药，包括手术需要的麻醉等辅料都需患者自费采购。吉布提所有药房均是私人药房，粗略估计有30多家。据世界银行统计，2018年吉布提医疗卫生支出占GDP的%，人均医疗卫生支出美元；2019年人口出生时平均预期寿命岁；2019年人口死亡率为7‰。

主要传染性疾病有登革热和肺结核，但并不严重，偶见原发疟疾。

中国自1981年起向吉布提派驻医疗队，目前为第20批，由山西省派出。

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