在对待巴勒斯坦自治政权问题上，“哈马斯”认为，以色列之所以同意巴勒斯坦实行自治是要实现其长远目的，使对巴勒斯坦土地的占领合法化，巴勒斯坦自治政权实际是掩盖以色列占领合法化的保护伞。尽管巴勒斯坦自治政权对巴勒斯坦人民采取了违反人权的行动，对一些巴勒斯坦组织采取了敌对政策，但“哈马斯”坚持尽量避免与自治政权发生军事对抗，因为与自治政权发生军事对抗只有利于以色列，相信自治政权会以失败告终。

“哈马斯”认为，伊斯兰教是团结、平等、容忍和自由的宗教，但“哈马斯”尊重其他宗教信徒的权利，任何宗教都应和平共处的存在，生活在巴勒斯坦土地上的基督教徒是巴勒斯坦人民的一部分，他们也拥有充分的权利和义务。“哈马斯”反对以色列的占领，同情和支持世界上的解放事业。

哈马斯在表示不放弃武装斗争的同时，开始逐渐调整自己的立场，以更加务实灵活的策略来参政议政。2005年3月，哈马斯首次正式宣布参加巴立法委员会选举。哈马斯领导人表示，哈马斯在加入巴立法委员会和参与制定政策之后将会更加“开明”，也更愿意和美国等进行接触和对话。