在一场总理的特别选举后，沙龙在2001年3月成为新总理，稍后又在2003年的选举中成功连任。然而，鹰派的沙龙政府开始从加沙地带单边撤军，这次撤军在2005年8月至9月间实行完成，沙龙的决定遭到党内的强烈不满，他其后退出利库德集团，另组前进党，并提前大选。内塔尼亚胡其后重夺党的领导权。

以色列也在西岸地区建立围墙，表面的目的是为了保护以色列免遭武装巴勒斯坦团体的攻击。事实上长达681公里的围墙及其缓冲地区侵占%的西岸地区面积，使得巴勒斯坦居民的经济状况遭遇困难。围墙的建立遭致国际间的许多批评，也遭到一些以色列极左派的批评，不过，围墙的确减少对以色列的恐怖攻击事件，也压迫巴勒斯坦的土地与平民。。

在沙龙严重中风之后，总理权力转移给艾胡德·奥尔默特。在2006年4月14日，在前进党赢得大选后，奥尔默特当选为以色列总理。奥尔默特的前进党也在2006年的选举中赢得第一大党席位。

在2006年6月28日，哈马斯的民兵部队从加沙地带挖地道潜入以色列境内攻击以色列国防军的据点，俘虏一名以色列士兵并且杀害其他两名。以色列以此为借口展开报复性的夏雨行动，大量轰炸黎巴嫩唯一的国际机场贝鲁特－拉菲克·哈里里国际机场以及其他桥梁、道路、以及发电站等民用设施，以色列也派军占领此地区，并称此行动与伊斯兰份子无关。