直到1641年，荷兰联合柔佛攻下马六甲。此后，荷兰与柔佛保持联合关系。半岛北部各王朝则渐渐成为暹罗的藩属。

英国势力在1785年开始进入马来半岛，那一年英国东印度公司向吉打苏丹租借了槟城。不久，英国方面采取诈取计谋夺得槟城。1819年开始又从柔佛取得新加坡的管理权，与荷兰展开竞争。

1824年，英国与荷兰签署1824年英荷条约，最终确立了英国对马来亚的霸权，荷兰撤出马六甲并放弃所有在马来亚的利益，而英国则承认荷兰对东印度剩余地区的利益。柔佛王朝也从此一分为二，新加坡以南的廖内划于荷兰势力范围，成为廖内王朝。

1826年，英国殖民政府将槟城、马六甲与新加坡联合组成了一个英国海外领地，名为海峡殖民地。在19世纪下半叶，由于马来半岛各王朝内部动荡，影响锡米等资源采收，英国开始积极干预各王朝的内政。经历内战的彭亨、雪兰莪、霹雳与森美兰陆陆续续接受由英国委派的参政司，这些名为帮助马来统治者管理国事，实际上这些英国代理人很快就成为这些国家的真正统治者。1896年，英殖民政府将四个王朝联合，成立马来联邦，由总参政司实际统治。

在马来半岛上的其他五个州合称马来属邦，也在20世纪初接受了英国参政司的派驻，成为英国的殖民地。

沙巴受到英国北婆罗洲特许公司控制。来自英国的探险家詹姆斯·布鲁克从文莱苏丹手中取得砂拉越，以“白人拉惹”（White Raja）或“白肤国王”身份统治这个国家直到1946年，将这块领土交给英国为止。

二战与战后独立运动

第二次世界大战，随着日本占据马来亚，各族间的关系日趋紧张，然而大众对独立的支持亦逐渐增长。战后，英国宣布了一个新计划，也就是马来亚联邦，这将原先属于马来联邦和马来属邦的苏丹国，加上槟城和马六甲（不包括新加坡）合组一个英国海外领地，并在数年后独立。这个计划遭到马来人强烈反对，因为它削弱了马来统治者的地位，并且将公民权赋予马来亚华人与少数民族。