1380年发生在瑞典的斯堪地那维亚部分的内战也波及到芬兰。1389年，内战的胜利者玛格丽特一世将瑞典、丹麦、挪威三个王国全都纳入自己的统治之下，此即卡尔马联盟。接下来的130年，瑞典的各个派系试图打破这个联盟。芬兰也卷入了这场纷争，但在15世纪似乎是相对富裕的时期，期间人口增加、经济也有所发展。到了15世纪末，东部边境的情势越来越加紧张。莫斯科大公国占领了诺夫哥罗德，向统一俄罗斯迈进了一步。1495年到1497年，瑞典和俄罗斯发生了战争，维堡的要塞遭到俄罗斯包围，根据当时的传说，该城是由神迹而拯救。

1521年，卡尔马联盟瓦解，瑞典恢复独立，古斯塔夫一世就任瑞典国王。在他主政下，瑞典于1527年接受新教。瑞典的行政体系经历了一场剧烈的改革，使国家的对地方生活的控制力得以加强，当然也能借此征到更多的税。紧接在宗教改革之后，图尔库主教Mikael Agricola出版了他翻译的芬兰语新约。

1550年，古斯塔夫一世建立赫尔辛福（Helsingfors），即后来的赫尔辛基，但两个世纪以来，它仍只是个渔村。

古斯塔夫一世于1560年死后，他的三个儿子接连继位。其中埃里克十四世开启了瑞典的扩张时代，他于1561年将爱沙尼亚的塔林市纳入其保护之下。利沃尼亚战争（1558年—1583年）之后，瑞典一直处于战争或准战争状态达160年之久。在战争的第一阶段，瑞典与丹麦、波兰和俄罗斯抢夺对爱沙尼亚和拉脱维亚的控制权。芬兰人因此饱受战争带来的征兵、重税和军队的骚扰。这造成芬兰人于1596年－1597年的起事，这场叛变以血腥的镇压结束。1595年和俄罗斯签署的Tyavzino条约使瑞典和俄罗斯的边界向东及北方移动，大约就是现今芬兰与俄罗斯的界线。

16世纪的芬兰历史中很重要的部分即是农业聚落人口的成长。国王鼓励农民自Savonia省迁移至芬兰中部的广大荒野。这使得原本居住于此的萨米人被迫离开。而有些荒地则是卡累利亚人的传统渔猎之地。在1580年代，这导致一场芬兰人与卡累利亚人与芬兰人间的血腥游击战，特别是在博滕省。

1611年到1632年间在位的瑞典国王古斯塔夫二世·阿道夫进行了一连串的军事改革，将瑞典军队从原先的农民民兵改造为有效率的战争利器，甚至可能是欧洲最好的一支军队。他完成了对利沃尼亚的占领，还得到了俄罗斯在Stolbova条约中失去的领土。1630年，瑞典和芬兰的军队开进德意志参加三十年战争。芬兰人组成的芬兰轻骑兵即以“Hakkapeliitat”之名著称。

在1648年《威斯特伐利亚和约》签订后，瑞典成为欧洲最强大的国家之一。1637年到1640年和1648年到1654年间，芬兰总督Count Per Brahe伯爵在其任内，推行了一些重要的改革也兴建了许多城市。其措施常被认为有益于芬兰的开发。例如在1640年，芬兰的第一所大学Åbo学院成立于图尔库。芬兰语的圣经全书于也于1642年出版。

但重税和持续的战争及寒冷的气候（小冰期）使这个时期的芬兰农民度过了一段黯淡的时光。在1655年到1660年间的第二次北方战争中，芬兰士兵被调往利沃尼亚、波兰和丹麦作战。瑞典的政治体制也越加趋向君主专制。

瑞典王国于1638年到1655年还握有今日美国的德拉瓦和宾夕凡尼亚地区作为殖民地。其中至少有一半的移民为芬兰裔。