茨温利以苏黎世为中心，宣传宗教改革，在1523年在苏黎世确立了基督教新教的优势地位。之后加尔文在日内瓦进行宗教改革。由于宗教的分裂与经济利益的不同，不同州的态度也不同。

1531年，在卡贝尔的宗教武力冲突中，茨温利战死。

1532年，宗教改革扩散到瑞士全境，而后走出瑞士，传遍欧洲。

拿破仑时期

法国政府征服瑞士并起草统一的宪法，并将政府体制改为中央集权，原属瑞士邦联的米卢斯及瓦尔泰利纳则分别被划入法国及奇萨尔皮纳共和国。法国占领期间，瑞士改名为赫尔维蒂共和国，但此外来势力所建立的共和国与瑞士各州高度独立的传统相违背。在此期间，瑞士仅是法国的附庸国。法国军队镇压与当地人民反抗引发如下瓦尔登州的“恐怖日”暴动。

在俄罗斯及奥地利对法国发动的战争中，瑞士人拒绝以赫尔维蒂共和国的名义为法国军队作战。赫尔维蒂共和国的新政府中主张国家中央集权的中央集权派及恢复旧邦联体制的联邦派也有所纷争，拿破仑于1803年招集双方在巴黎进行调解，各党派无异议通过《调停法案》（Acte de médiation），恢复各州自治及邦联体制。

1815年在维也纳会议上，瑞士重获独立，并确认为永久中立国。但瑞士军队直至1860年加埃塔包围战（Siege of Gaeta）后才终止协助外国政府作战。瓦莱州、纳沙泰尔州及日内瓦州先后于1815年加入联邦，瑞士的领土从1815年起即未再变更。

联邦国家

法国大革命“自由、平等、博爱”的理念对瑞士各州由寡头贵族所支配的政治体制具有明显的冲击，演变成激进与保守州的对立。瑞士于1839年爆发苏黎世保守派叛乱（Züriputsch），部分保守天主教州于1845年结盟为“分离同盟”，于1847年与联邦军爆发分离同盟战争（Sonderbundskrieg），战争持续不到1个月，死亡人数为104人，且大多是受到友军误伤。分离同盟战争与欧洲各国发生的动乱类似，但对瑞士社会及心理层面皆有重大影响。

在1848年欧洲各地发生革命及骚动时，瑞士起草以联邦体制为架构的新宪法，该宪法大多参考美国宪法；新宪法赋予联邦政府较大权力，各州政府则保留处理地方事务的权限。激进自由州倾向以各州人口比例推派代表的单一议会，而传统保守州欲维持旧体制，经协商后，国会分为上议院即联邦院，由各州选出2名代表，半州则为1名；以及下议院即国民院，共200名代表，依各州人口数量比例选出代表:106。修改宪法须经全民公投复决。