其年冬十月丁巳朔辛酉天皇亲自率军东征，至速吸之门有一乘艇而至的渔夫名曰珍彦，替天皇做前导开路，故赐名椎根津彦(乃倭直部始祖)。大军耗时半年途经筑紫国菟狭(今大分县宇佐市)，菟狭国造祖菟狭津彦((日文)ウサツヒコ)和菟狭津媛((日文)ウサツヒメ)立一柱腾宫并设宴款待。后者后来下嫁侍臣天种子命，而天种子命乃中臣氏之远祖。十一月抵筑紫国冈水门，十二月至安艺(今广岛县)，居于埃宫。乙卯年春三月徙入吉备国(今冈山县)，起高岛宫，全军养精蓄锐三年。接着大军继续向东，经浪速国、河内国草香邑青云白肩之津(今大阪府东部)后，于孔舍卫坂遭遇土豪长髓彦顽强抵抗，长兄五濑命遭流箭伤及肱胫。神武天皇意识到身为日神子孙，向太阳升起的东方征虏乃逆天道，遂令全军后退，并绕道纪伊(今和歌山县)前进。途中五濑命因箭伤身亡，葬于纪伊灶山。

全军自熊野渡海时突遇暴风雨，二兄稻饭命、三兄三毛入野命跃入海中，以求全军船舰平安。至熊野荒坂津登岸时，误杀平民百姓而遭天谴，全军因毒气动弹不得。幸亏武瓮雷神赐予韴灵剑，中毒士卒悉复苏醒。全军前往中洲时，在山中迷路，天照大神派遣八咫乌做向导，引领全军抵菟田县，并收大伴氏始祖日臣命、井光、磐排别之子、苞苴担之子等人为臣;接着斩兄滑、击八十枭帅于国见丘、降弟矶城、斩兄矶城等人。

后来神武天皇军与长髓彦军大战却无法取胜，战况陷入泥淖之际飞来一只金色灵鸱停于神武天皇之弓弭，其耀眼光芒令长髓彦军士卒迷眩无法再战。为报五濑命箭伤身亡之仇，神武天皇军队穷追不舍，长髓彦派人前来解释原委。原来其妹婿饶速日命乘天磐船自天降，为天神之子，而神武天皇亦自称天神之子，他不相信天神子有两个。

神武天皇则质疑饶速日命若为天神之子，应有代表物，于是长髓彦出示饶速日命佩带的天羽羽矢及步鞬。饶速日命清楚长髓彦仍对神武天皇怀有敌意，乃杀之，并率部众归顺神武天皇。最后神武天皇总算在大和定居下来，但四周仍有不肯降伏的土蜘蛛势力，经过六年的征讨始定。接着在亩傍山东南方兴建橿原宫，并纳事代主神与玉栉媛所生之女媛蹈鞴五十铃媛命((日文)为正妃，后尊为皇后，生皇子神八井命、神渟名川耳尊(后来即位为绥靖天皇)。