威胁来自强权政府

杰斐逊认为自治是人的天赋权利。杰斐逊在信中写道:“我确信，如果天意没有注定人永远不得自由(相信这点是亵渎上帝的)，秘诀就在于使他自己保管有关他自己的权力“，而且世界上每一个人和每一个集体都有自治的权利。他们的这种权利是与生俱来的。什么样的政体可以让人民实现自治呢?杰斐逊在写给詹姆斯·麦迪逊的信中写道:

人类社会存在于三种大相径庭的形式下。存在于没有政府的状态下，例如在我们的印第安人中间。存在于有政府的状态下，其中每个人的意志都有一定影响，例如较小程度在英国，较大程度在我们的州。存在于强权政府下，例如在其他一切君主国以及大多数共和国。要了解生活在最后一种形式下的痛苦，就必须把它们予以揭露。这是狼对羊的统治。我不知道第一种形式是不是最好的，但是我认为它和较多的人口是不相容的。第二种形式有很多好处。在那种形式下，多数人享受很大程度的自由和幸福。它也有弊端，其中最大的弊端是容易发生骚乱。但是拿它来同君主国的压迫相比就微不足道了。我宁愿有危险的自由也不愿自由自在地做奴隶。就连这个弊病也有好处。它能防止政府蜕化堕落，促进人民对国家大事的关心。我认为时不时发生一次小规模的叛乱是件好事，它在政治界就像暴风雨在自然界一样地必不可少……造反是对于政府的健康必不可少的良药。

由此可见，杰斐逊非常痛恨君主政体、贵族制政体。

建立自下而上的共和政体

杰斐逊想要的政府是一个自下而上的共和政体。杰斐逊反对权力的集中。他说:“破坏世界上曾经有过的每一个政府的人民的自由和权利的是什么?是把全部责任和权力合并起来，集中在一人或一批人手里……让全国政府处理国防以及对外关系和联邦关系;州政府处理公民权利、法律治安以及与州有关的事务;县政府处理县的地方性事务，区政府处理区的事务。把这些共和国从全国性的大共和国到其所有从属机构一分再分，直到每个人都管理自己的农场，每个人自己的眼睛能监督的都由他自己监督，这样一切事情就能办得最好……“。在联邦政府与州政府之间，杰斐逊主张“支持州政府的一切权利，把州政府当作管理内部事务最有效的行政机关以及抵制fangong和倾向的最牢靠保障“。