然而，随着1803年10月底“费城“号在的黎波里附近搁浅以及307名官兵被俘，美国海军在北非的军事行动陷入僵局。1803年下半年，美国外交官威廉·伊顿(William Eaton)开始实施由他策划、得到杰斐逊和麦迪逊同意的推翻尤瑟夫·克拉玛尼帕夏政权、扶植亲美的哈米特·克拉玛尼(Hamet Karamanli)上台的军事政变计划。在哈米特的帮助下，伊顿招募了一支由500余阿拉伯人组成的雇佣军，在美国海军的协助下，于1805年4月攻陷了的黎波里重镇德尔纳。在地中海指挥军事行动的海军准将塞缪尔·巴龙(Samuel Barron)和美国驻阿尔及尔领事托比亚斯·利尔(Tobias Lear)遵循有限战争的方针，决定利用有利的军事形势与帕夏达成和解。面对美国的恩威并施，的黎波里同意和谈，双方于1805年6月4日签署协定。协定共20条，除宣布实现和平、美国支付6万美元以赎回所有被俘船员外，第四、第八和第十四条，分别规定了非交战国的中立权、双方船只自由停泊海港不受侵犯以及公海航行自由等诸多涉及美国核心利益的权利。这被称作第一次巴巴里战争，通过此战，美国基本上获得了在的黎波里水域内自由通商航行的权益，也达到了“敲山震虎“、警告欧洲大国尊重美国海洋权利的国际政治目的。

外交

托马斯·杰斐逊在任期间，处理对外关系时，依照“一切以国家利益为重“的原则。