战争初期共和派对阿尔卡扎的围困是战争的转折点，民族主义者长期坚守之后等来佛朗哥的援军，围困被解，民族主义者获胜。尽管民族主义者在1936年11月发动突袭，共和派还是成功的守住马德里，1937年前者又在加拉玛和瓜达拉哈拉地区发动攻击，皆以失败告终。但是不久民族主义者又开始攻击共和派的阵地，切断马德里的补给，并在马德里东面发动攻击。北方的巴斯克自治区于1937年后期陷落，不久阿拉贡前线也开始崩溃。民族主义者对格尔尼卡城的轰炸可能是战争期间最著名的事件，该事件是后来毕加索的名作《格尔尼卡》的灵感来源。此时的西班牙战场成为纳粹德国空军秃鹰军团的武器实验场。1938年7-11月间的埃布罗河战役是共和派试图扭转局势的最后一击，最终以失败告终，巴塞罗那在1939年初落入民族主义者的手中。战争很快就要结束。1939年3月，共和派的其余阵地全线崩溃，马德里也最终陷落。

这场战争造成30万至100万人的死亡，共和国消亡，佛朗哥则离其独裁者的梦想又近一步。佛朗哥将所有的右翼政党整合为改组后的长枪党，并禁止左翼和共和政党以及工会的活动。

战争期间双方都是残酷无情的，平民被屠杀或监禁的情况随处可见。战后的1939年至1943年，成千上万的共和派遭到监禁，高达15万1000人被处死。许多共和派遭到流放，直到佛朗哥时期结束之后才回到国内。

佛朗哥时期

西班牙在一战和二战中都保持中立，仅于1941年至1943年间派遣由志愿者组成的“蓝色师”协助德国对苏作战，但在内战期间仍然遭受战火之苦。佛朗哥执政期间，西班牙在经济和文化上基本与外部世界隔绝，但是随着经济的复苏，它迈出追赶其邻国的步伐。佛朗哥时期，西班牙曾积极寻求从英国手里收回直布罗陀海峡，并在联合国中寻找支持。60年代，西班牙开始对直布罗陀地区施加限制措施，并最终于1969年关闭国境线，并直至1985年才重新开放。

西班牙在摩洛哥的统治至1967年宣告终结。虽然在1957-1958年的伊夫尼战争中获得军事上的胜利，但是西班牙仍逐渐地放弃非洲的殖民地。1968年，它同意西属几内亚独立成为赤道几内亚；1969年，它又将位于摩洛哥内的飞地伊夫尼割让给摩洛哥。