这次财产划分被证明是对于其继承者费利佩二世的巨大挑战，他在查理五世于1556年退位之后成为西班牙国王。西班牙诸国躲过肆虐于欧洲其他地区的宗教冲突，仍保有罗马天主教的信仰。费利佩二世把他自己当成对抗奥斯曼土耳其和异教徒的天主教斗士。在16世纪60年代，他试图加强对尼德兰的控制，但却导致该地区的动荡不安，并逐渐使加尔文教派掌握主导权，发动反叛运动和八十年战争。这使得西班牙的财政消耗殆尽。其后西班牙诸国又试图征服英格兰——后者是荷兰谨慎的支持者——这导致无敌舰队在英西战争（1585－1604）和法西战争（1590－1598）中的覆灭。

尽管存在着这些问题，但是自16世纪中期开始不断从美洲流入的白银、西班牙步兵的声名和很快地从无敌舰队的覆灭灾难中恢复过来的海军都使得西班牙仍旧保持在欧洲的主导地位。1580年西班牙诸国和葡萄牙王国合并组成伊比利亚联盟，这不仅使半岛得以统一，也将两个殖民帝国的全球资源都整合到哈布斯堡王朝之下。但是，卡斯蒂利亚的经济和行政问题以及本土经济的衰弱在接下来的一个世纪变得日渐明显：高涨的通货膨胀、将犹太人和摩尔人驱逐出西班牙的不良后果以及西班牙对黄金、白银日益增长的依赖性，导致政府的几次破产和由此而起的数次经济危机，这种情况在不堪重负的卡斯蒂利亚地区尤为严重。

西班牙沿海的村庄和巴利阿里群岛时常遭受来自北非的巴巴利海盗的攻击。福门特拉岛上的居民甚至短暂的撤离该岛。后来海盗的侵袭蔓延至西班牙其他沿海地区和意大利沿海地区，海盗从他们的北非巢穴出发只要横渡一片平静的海域很快就能到达这些地区。其中最著名的海盗是土耳其的巴巴罗萨（“红胡子”）。据罗伯特·戴维斯统计，16世纪至19世纪，约有100万到125万欧洲人被北非海盗捕获，并作为奴隶卖至北非和奥斯曼帝国等地。这种情况在西班牙和其他基督教势力开始抑制穆斯lin在地中海的海军力量并取得1571年勒潘多海战的胜利之后才有所缓解，但是海盗问题仍然在接下来的一个世纪里困扰着西班牙。