各项矛盾在协商中达成了共识之后，张四维便作为南京方面代表和欧阳必进这位如今的大明内阁首揆确定了最后的细节，因为这种事没法用正式公文的形式留档，因此双方并没有签属什么协议，只是以内阁的名义定下了三条行政改革制度。

第一条就是颁行退休制度，规定了官员的退休年纪、退休待遇。

第二条则是取销存在近二百年的南北两直隶，改组河北、安徽、江苏三省承宣布政使司，同时将顺天府改北京府、应天府改南京府、松江府改上海府、广州府则不再归广东领导，四府升格为直辖府。

第三条改组大明各衙门的行政体系，大理寺更名为司法院，和都察院并称两院，职权不变，品轶升格为正二品。

太常寺和礼部的僧道司、南京的宗教管理司合并为国家宗教管理局，品轶不变，仍为正三品。

鸿胪寺完全并入礼部，同礼部内负责外事接待、宗藩事务管理部门合并为外交司。

至于光禄寺和太仆寺直接取消，宫廷宴礼的标准全归司礼监的尚膳局负责，国家几大马场的管理则由兵部和南京大都督府军需部负责。

在改组之后，五寺不再存在，新的行政体系下，内阁直接领导全国十六省（山东、山西、河南、陕西、四川、湖广、江西、浙江、广东、广西、云南、贵州、福建、河北、安徽、江苏）、四个直辖府（北京、南京、上海、广州）、中央各直属部门（六部、两院、通政使司、海关、宗教管理局、国有资源管理局）。

如此大动作的进行行政改革，这并非是出于某一个人（陆远或者嘉靖）的个人意志，而是此次政治协商的推动，是天下人（本质就是南北两京上层统治阶级）的意志体现，是南北两个大的利益党派在经过多次、多番政治博弈后最终达成的利益共识。