阿合马和董必皇后也抓住这个机会，大肆污蔑太子要造反，想取而代之，这事彻底惹怒了忽必烈，他下令免除了真金太子处理朝政的权力，同时命令中书省彻查此事，真金太子因此忧惧成疾，同年十二月十日病死。真金太死的英年早逝，让忽必烈心灰冷，更打乱了忽必烈的继承人计划，为大元朝之后不正常的皇权交替埋下了伏笔。

真金太子死后，其儿子铁穆耳被选定为忽必烈的继承人。

亲人的接二连三去世，病体的折磨，以及朝政的糜烂，让忽必烈更加颓废，他转而寻求更加穷奢极欲的生活，以此来寻求安慰和满足，而这更加剧了他的健康恶化和皇权旁落，整个国家被阿合马弄得乌烟瘴气，怨声载道。

同时醉生梦死的生活也在极大的损耗着忽必烈的生命。

阿合马的残暴行为惹来了天下人的不满，益州千户王著就是其中之一。

这王著虽然是个官员，但之前却是个侠客，和江湖豪杰多有往来，为人也是嫉恶如仇，再加上艺高人胆大，看到百姓在阿合马这种大贪官的剥削下生活疾苦，于是准备为民除害。

他先是秘密铸造了一个大铜锤，颇有工欲善其事必先利其器的意思，之后又联络武林同道高和尚等人，潜入大都准备伺机杀掉阿合马。

没让他们多等，机会很快就来了。

1282年3月，忽必烈巡幸上都，让阿合马留守大都，王著等人趁这个时候设计除掉了阿合马。

王著等人冒充皇太子的亲卫，打着护送皇太子回京参加佛事的幌子，让中书省为他们准备供奉神佛的物品，之后又让一个姓崔的太监假传皇太子的旨意，命令枢密副使张易派兵扈从，张易未觉察出异常，就让指挥使颜义领兵前去。

王著则拿着假的皇太子旨意去见阿合马，说是皇太子命令中书省官员都到东宫见驾，阿合马虽然也疑惑，但是现在皇帝为了治疗身体疾病，和尚、道士、巫师的都轮班进宫做法，现在太子主持佛事为皇帝祈福，也是人之常情，倒也没让他多想。

来到东宫，王著亲自上前提阿合马牵马，趁着阿合马下马之际，拿出早已准备好的铜锤，一下子爆头，一代贪官就这么戏剧性的死掉了。这件事也从侧面反映出，忽必烈后期朝堂上的倾轧问题之严重了，江湖豪侠竟然都敢公然刺杀朝廷大臣，更要命的是竟然没人发现。

王著英勇的为民除害之后，并没有拒捕，临行前，他高声大喊：“王著为天下除掉一害，今天死后，他日必会有人为我撰写此事。”不得不说，这是真豪杰。

消息传到上都，忽必烈大怒，命令枢密副使孛罗、司徒和礼霍弥、参政阿里等赶回大都，讨伐作乱之人，很快高和尚等人就被抓捕归案，和王著一起被处死了。

事情的始末很快由司徒和礼霍弥审理清楚，上报忽必烈，他向忽必烈汇报案情时，也详细报告了阿合马的累累罪行，忽必烈听后大惊，下令查抄阿合马家。

查抄出的金银财宝无数，更有两张完整的人皮，据他家人交代是专门弄诅咒用的，阿合马累累罪行罄竹难书，忽必烈大怒说：“王著把他杀了，的确是对的。”而后下令诛杀其子侄，阿合马开棺戮尸，皮肉任街头野狗啃食。

这件事之后，忽必烈熏酒的毛病越来越重，再加上高脂肪不健康饮食，他吃成了个大胖子，如此各种疾病就更多了。

1287年持续多年的海都之乱更是从身心上将忽必烈打入了深渊。

这事儿说起来比较复杂，牵扯到了老一辈的恩怨，本来成吉思汗去世之后，窝阔台继承了大汗位，拖雷监国，哥儿俩后期也多有嫌隙，再加上窝阔台系的子孙不争气，在贵由死后把汗位继承权给丢了，被谁抢走了呢？拖雷家哥儿仨（蒙哥、忽必烈、阿里不哥），这哥儿仨轮流坐庄之后，就把窝阔台一系的人马安排到一个叫海牙里的地方放牛去了。

去放牛吧，心中还不服气，于是其后代海都支持并参与了阿里不哥和忽必烈的汗位之争，最后阿里不哥失败，海都仍然不甘心，一直企图重登汗位。

海都之前与元朝的战争是打打停停，到了1287年，他联合乃颜袭击并占领了和林（召开库里台大会的地方），这让忽必烈大惊，第二年忽必烈不顾年事已高，亲自带着大军应战，这次上战场的还有未来的元朝第二位皇帝铁穆尔。

作战中，海都充分发挥了蒙古骑兵行动迅速的优势，虽然兵力不如忽必烈，但是采用游骑兵的打法，双方你来我往、打打停停，又打了许多年一直没分出个胜负，这让忽必烈不胜其烦，身心俱疲，但是岭北之地又是祖宗龙兴之地，不能不守。

终于在1294年，忽必烈也没能彻底平定海都之乱，带着遗憾、孤独、伤心走到了他生命的终点，他的去世也预示着一个时代的终结。

元朝是一个短命王朝，但是忽必烈作为开创者，不失为一位雄才大略的君王，明太祖对他的评价是：昔中国大宋皇帝主天下三百一十余年，后其子孙不能敬天爱民，故天生元朝太祖皇帝，起于漠北，凡达达、回回、诸番君长尽平定之，太祖之孙以仁德著称，为世祖皇帝，混一天下，九夷八蛮、海外藩国归于一统，百年之间，其恩德孰不思慕，号令孰不畏惧，是时四方无虞，民康物阜。