土方岁三回到江户之后，痛感旧式刀枪已然过时，如今已经是洋式军备的时代。但是，身为效忠于江户幕府的新选组，明知不敌，也要继续为幕府而战。在幕府重臣胜海舟的指令下，土方岁三与近藤勇将新选组残余队员改组为甲阳镇抚队，并率领甲阳镇抚队一路开往甲斐（现山梨县），试图阻拦步步紧逼的新政府军。

敌众我寡，旧式刀枪也难敌新式军备，不出意外甲阳镇抚队再次败下阵来。土方见战事吃紧，曾恳请江户幕府派遣援军，但幕府不为所动，任凭甲阳苦苦支撑。

土方岁三虽然机智过人，却何曾想到镇抚队本来就是幕府高官胜海舟和新政府谈判的棋子，他们的死活从未被幕府放在心上。

庆应四年4月3日，近藤勇被擒被审问后就判了斩首刑。

土方岁三前往江户恳请胜海舟联系新政府，救近藤勇一命，但胜海舟不为所动。

4月11日，胜海舟与东征大总督府参谋西乡隆盛的努力终于奏效，江户城无血开城。新政府军与幕府军避免了正面冲突，江户城得以保全，没有化为一片火海，胜海舟等幕府高官咸与维新，都摇身一变，成为新政府的官员。

而4月25日，曾经为江户幕府出生入死的近藤勇于板桥刑场执行斩首刑，土方痛失多年的伙伴。

就这样与新政府结下了血海深仇的土方岁三率领部分队员前往会津，与坚持作战的原幕府步兵奉行大鸟圭介的旧幕府军联合。

新政府依逐渐向北进攻，土方岁三一边坚持反抗，一边向更北方行进。在仙台，土方岁三遇见了原幕府海军副总裁本武扬。在江户无血开城之后，新政府要求幕府交出所有军舰，但幕府海军副总裁本武扬不甘心幕府就此灭亡，暗自联系拒绝支持新政府的东北诸藩，私自率领最新型军舰“开阳丸”等8艘军舰，带着同情幕府的法国人顾问离开江户，途径会津藩来到仙台。

土方岁三与本武扬目标一致，一拍即合，便带着手下乘军舰来到北海道。当时全国的大部分藩国都已经向新政府表示了臣服，土方岁三决意抵抗到底。