在接到委任状之前，莫罗暂时留在意大利随儒贝尔一起作战。可惜在诺维战役中，法军被苏沃洛夫打得大败，儒贝尔阵亡。莫罗临时接过指挥权，指挥部队撤回了热那亚。在那里，他把部队指挥权交给尚皮奥内将军就回国了。

这时拿破仑从埃及偷偷跑回来后在巴黎找到了莫罗，希望他支持自己。由于对督政府的不满，莫罗同意与波拿巴合作。雾月18日政变后，莫罗率兵将两名督政官软禁在卢森堡。作为回报，他又得以指挥莱茵军团在中欧作战。

这一次进军十分顺利，奥地利人又被打回了伊萨尔河东岸。回国后，经约瑟芬介绍，他与一名叫米莉·奥洛的克里奥尔女子结婚。

莫罗万万没想到，这位新夫人其实野心勃勃，对权力有很大的渴求，日后给他惹下大麻烦。新婚后不久，莫罗就重返战场。

1800年12月3日，莫罗迎来了自己戎马生涯的巅峰之战——霍恩林登战役，是役莫罗以损失2500人的代价歼敌万人，为粉碎第二次反法同盟奠定了基础。