玄武门的局势稳定之后，李世民派尉迟敬德前往太液池面见李渊。

尉迟敬德身穿重甲，手持长矛，走到太液池边上。

李渊见他身上的血迹未干，惊愕不已，问道：“今日是谁在作乱，你来这里做什么？”

尉迟敬德回答说：“秦王因为太子、齐王作乱，举兵诛灭他们，恐怕惊动了陛下，就派臣来宿卫陛下。”

李渊对裴寂说道：“没想到今天发生了这种事情，如何处置？”

萧瑀、陈叔达说：“建成、元吉本来就没有参与晋阳首谋，又没有大功于天下，他们嫉妒秦王功高望众，蓄谋予以加害。如今他们已被秦王诛杀，秦王功盖天下，万民归心，陛下此时封他为太子，委以国事，应该就不会再发生什么事了。”

李渊叹了一口气，说：“事已至此，也只能这样了。”

此时，太子和齐王的余党尚在各自的府中，他们还不知道宫中发生的事情。尉迟敬德请求李渊降下手敕，命令大唐所有兵马全部受秦王节制。

李渊于是让宇文士及拿着手敕向众人宣布，又命令黄门侍郎裴矩到东宫告知驻守的将卒，太子、齐王的余党得知情况，全部散去。

李渊这才召来秦王，对他说：“父皇因建成是嫡长子，遵循国家礼制立他为太子，也是不得已的事。没想到他们屡次加害于你，真是委屈你了。”

李世民于是跪服在父皇李渊的胸前，大哭不止。

此时，秦王府兵马已经急速前往齐王府和东宫，他们各自都还有五个儿子。

秦王心腹侯君集派人前来请示，对建成和齐王的子嗣如何处置。

李世民原本不想扩大事态，但长孙无忌在一边说道：“斩草不除根，春分吹又生！”

李世民遂下定决心，将太子、齐王的十个儿子全部杀尽，彻底断绝了他们的血脉。