而此时，虽然在远东获得了极大胜利，但在中国战场上，日军失去了部分精锐部队，使日军兵力一时之间显得非常之不充足。同时还有吴克的卫国军在华北，正虎视眈眈的盯着东北地区，而西西伯利亚平原地区也因远东战事，已经聚集了一批俄军队伍，很难被一口吞掉。

日军大本营从对中国地淞沪战争、华北战争中，屡次被吴克装甲集团所击溃吸取了血的教训，因此在制定作战计划时，针对俄军拥有的大量装甲，也做出了一些分析，分析认为，在日军装甲力量并不雄厚的此时，与俄军争夺利于装甲冲锋的西西伯利亚平原地区，对日军将具有非常大的风险。

因此日军大本营在此时降低了要求，放弃对日军来说非常渴望的西西伯利亚平原，转而选择以叶尼塞河为界，切断西伯利亚铁路，全力占据易于防守的中西伯利亚高山地区。

日军准备在第三期战略意图完成后，全力巩固中、东西伯利亚以及蒙古地区，使其成为日本的战争基地，然后再转而以成熟的装甲兵和飞机重炮歼灭卫国军，大举吞并中国。这对日军来说是一个比较务实的战役计划，虽然计划中充满了狂妄和对俄军防守力量的不屑，但却具有一定的执行可能。

在随后的几个月中，日军果真大举入侵蒙古。因贝加尔湖以东地区被日军所占，朱可夫虽有几个机械化师团达到伊尔库兹克，却为蒙北山脉和日军湖西防线所挡，不能对蒙古进行大规模快速支援。而驻蒙兵团前期也在日军对赤塔进攻中，被57军军长稀里糊涂的消耗掉，甚至还有一部分兵变投降日军。

因此蒙古军在缺少装备的情况下，虽然得到朱可夫以空中进行大力支援，却不得不以马匹、砍刀面对日军的火炮、机枪甚至装甲。很快西部的军臣汗部在关东军三个师团攻击下，迅速被吞并，于此同时，已经越过内蒙古草原进入外蒙境内的香月清部，在汇合察哈尔派遣军两个旅团后，一路长驱北上，迅速将盘踞蒙古中部的土谢图汗部和三音诺言部两个骑兵队伍击溃。

两股日军于7月初在乌兰巴托附近会师，接着乌兰巴托保卫战打响。共计6个师团日军的兵力，不分昼夜轮番围攻乌兰巴托，最终蒙古军和支援此处的一个俄步兵师、炮兵师和一个装甲旅，不得不在坚守一个星期后，放弃此处向伊尔库兹克方向撤退。

随着乌兰巴托被迅速占领，蒙古除西部扎隆克图汗部外，已经基本宣告陷落。而唯一幸存的扎隆克图汗部，其未被攻击也是另有原因。北方冬季来的早，大约九、十月间，冬季就会到来，届时西伯利亚寒流一起，漫天沙雪，战役将被延长至明年，而整个漫长的冬季将足够俄军对中西伯利亚防御进行加强。为避免这种局面，日军大本营在达到第二期作战目标后，立刻着手进行第三气计划。

蒙古西部的这个部落正是其第三期计划中，必须经过之地。本着迷惑俄军的意图，日军大本营决定暂时放过这个部落，为准备自哈萨克丘陵偷进的日军进行掩护。反正这个部落并不强盛，任何一个日军旅团都可以轻易将之击溃，没有什么威胁性可言。

而广袤的缺少人烟的荒漠、草原，则提供给大股日军隐蔽前进的极大可能，因此日军