嘉靖二十七年四月初五这一天刚刚入夜，朱纨下达了攻打双屿港的命令。一霎时，停泊在磐石卫港口的包括大福船、二号福船、草撇船、海沧船、开浪船、快船在内的四百八十艘大小战船，载着六千多名官兵驶出港口，鼓风杨帆向着双屿港驶去。朱纨乘坐在雄狮号大型福船上指挥战斗。

双屿港位于佛渡岛和六横岛之间，在石柱头山与边浦岙之间的北港水道与南港水道是倭寇船只出没的主要航道。要打下双屿港，必须首先控制双屿港的南北水道，将倭寇战船消灭在双屿港内。为了有把握地打下双屿港，朱纨做了周密的部署。由卢铛、魏一恭和刘恩至三人率领主力从正面攻打双屿港，由福建巡海道副使柯乔、都指挥黎秀二人分别在双屿港外海域对倭寇进行拦截，防止倭寇从外海逃跑。

朱纨命令参军张四维率领十艘大型福船和其他战船四十艘驶向佛渡岛南面的海域，参军张汉率领十艘大型福船和其他战船四十艘驶向六横岛北面的海域，形成对双屿港倭寇的南北夹击之势。

由于突然改变了风向，船队的航行速度受到影响，但是战船仍然在向着双屿港前进。

双屿港已经隐隐约约出现在前面，朱纨把千里镜贴近眼睛注意观察着双屿港，此时双屿港似乎还安静，朦胧的月色透过翻卷着的云层投射在海面，海风卷起巨浪撞击在双屿岛周围陡峭的石壁上，发出令人恐怖的巨大声响。但是听不出双屿港有什么异样的动静。然而就在此时，从双屿港传来隐隐约约的喧闹声。朱纨判断，双屿港已经发现了明军的动态。

双屿港确实已经发现了大明水师已经靠近了双屿港，消息传开，双屿港三千多人高度紧张起来。由于日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎、武藤源六郎、织田信义和中国的王直等人带着六百名以日本人为主的队伍去了永宁，双屿港的军事实力已经大为减弱，明军在这个时候来攻打双屿港，双屿港实在处于万分危急之中。

明军大军压境，敢于拼死的日本人大部分走了，怎么办啊。双屿港的大多数人都失去了主见。紧急情况下，葡萄牙人何亚八和平托站出来了。何亚八和平托一生从事海外冒险活动，曾经走遍了印度的恒河流域，到过马来西亚、菲律宾、文莱等东南亚国家，见过许多大世面，此时突然遇到紧急情况，何亚八和平托比起中国的许栋和徐海等人就显得比较有主见，何亚八大声说：“都不要慌，如果这样一团糟，只怕明军轻易就打进来了。这样吧，立即将港口闸门紧紧关闭。明军要打进来，唯一的路是港口前面的一排水闸，关闭了闸门，凭着我们五十座佛郎机炮和两千多支火枪，足可以抵抗几天，等去永宁的六百人回来，我们来个里外夹攻，不愁他姓朱的不滚回去，现在大家立即投入紧张的自卫战斗！”