木叶四十八年，熟练掌握了木遁的大蛇丸遭遇雾隐忍刀七人众，使用树界降临，团灭忍刀七人众，率领木叶忍者攻入水之国，水之国在第三次忍界大战中投降。

而在这一战中，大蛇丸也获得了鬼灯一族，水无月一族，辉夜一族的族人，与蓝诺一起研究水之国的血继限界。

血继限界是一种通过遗传才能获得的忍术，没有相关的血脉就完全无法学会，写轮眼是如此，鬼灯一族的水化秘术，辉夜一族操控骨骼的血迹，以及水无月一族的冰遁都是如此。

不过在两人的研究之下，还是找到了基因改造的办法，截取血继限界忍者的一段基因，然后粘贴在自己的干细胞基因中，随后等待时间的推移，将自己身体的细胞全部替换一遍之后，就可以获得这种血继限界。

木叶四十九年，大蛇丸掌握了三种水之国的血继限界，并且因为对阵雾隐的功劳，被提名成为第四代火影的候选人。

同时大蛇丸也从雾隐战线被调往云隐战线，多次与艾比组合交战，并且战而胜之，在战争之中，又获得了岚遁忍者，在蓝诺的帮助下，融合了岚遁血继。

木叶五十年，大蛇丸因为在战争中的功劳，成功竞选成为火影，蓝诺则成了第四代的火影辅左。

接下来的几年时间里，大蛇丸借助职务之便，分别获得了日向一族和宇智波一族的血脉，并且融合到了自己的体内，在此期间，他还得到了部分漩涡久辛奈的血液，获得了漩涡一族强大的生命力和查克拉。

随着自身实力的强大，大蛇丸对于科研的需求也越来越大，主动的发起了第四次忍界大战，靠着强大的实力，先是碾压了水之国，将还没有拿到手的熔遁和沸遁拿到，又踏平了风之国，获得了磁遁和灼遁，土之国也没有跑掉，爆遁被夺走。