为解决辽东粮饷运输问题，他上书小试海运疏，建议恢复元代开创的海上漕运，并家家族珍藏的海运书、海运图进呈崇祯。

崇祯让他造海船试行，他乘二舟，载米数百石，十三年六月朔，由淮安出海，望日抵天津。守风者五日，行仅一旬。

崇祯大喜，加封为户部郎中，前往登州与巡抚徐人龙负责海运辽饷事务。过去都是辽饷用天津船赴登州，侯东南风转粮至天津，又侯西南风转至宁远。而沈廷扬直接从登州运往宁远，省时省力。

崇祯十六年，升太仆寺卿兼户部事，后又被任命兼国子监司业，把漕船改为长江兵船。沈廷扬这个技术官僚改造了许多漕船为战舰，弘光立，还曾计划让他运粮去山海关供应吴三桂，南京失守后，沈廷扬带几百条船回崇明老家，一起拥立了义阳王。

荆本彻和义阳王兵败来投，沈廷扬也只能下令停止攻打靖江。

“为今之计，只得请殿下退位归藩，往依鲁监国了。”沈廷扬也非常无奈，连崇明这个大本营都丢了，大将黄蜚、陈梧、张鹏翼先后亡，吴志葵、张士仪、张国柱等先后降清，而顾容、黄五常等反叛，黄斌卿、王朝先又投鲁监国，他们这小朝廷已经名存实亡了。

既然如此，还不如干脆去投鲁监国。

义阳王犹豫着问，“鲁王能容否？”

“臣听闻鲁监国的一些行事，大气而又睿智，殿下可放心前往，皆是大明宗室，之前也都是为恢复江山社稷而已。”沈廷扬安慰。

义阳王虽然清楚他跟鲁王之间其实没那么简单，他之前派陈梧王朝先黄斌卿南下浙东抢地盘，之后又拒绝鲁王使者传达的退位归藩之诏，可现在也确实无路可走。

商议已定，几人也不敢再多逗留，于是船队先沿江出海，再南下绍兴。

甲板上，义阳王怔怔发呆，江北督师、东阁大学士兼吏部尚书田仰则在提笔为义阳王写退位归藩书，浙直水师总督兼戎政尚书荆本彻则代义阳王写拥戴鲁王监国的贺表，兵部左侍郎兼户部右侍郎沈廷扬却在统计着他们最后的船只钱粮兵马数目，计算够不够航行到绍兴。